Istrinya, ahli saraf Suvatchara Witoelar, meninggal dunia pada 2003.
Bersama Suvatchara, Wimar memiliki dua putra Satya Tulaka (1975) adalah seorang arsitek dan pengembang web yang pernah bekerja di Yahoo dan Aree Widya (1978), PhD di bidang matematika dan ilmu komputer.
Belakangan sosok Wimar yang kritis juga terus mengembangkan perusahaanya, InterMatrix Communications (IMX).
IMX merupakan perusahaan public relations yang berfokus pada strategi komunikasi dalam isu-isu publik, terutama isu perubahan iklim, deforestasi dan isu-isu masyarakat adat.
Artikel ini telah tayang di Tribunnews.com dengan judul Wimar Witoelar Meninggal Dunia, Pernah Jadi Juru Bicara Gus Dur, Berikut Profil Singkatnya